工資超過5000發現金，若用人單位未如實上報或者超過納稅起徵點而沒有代扣代繳個稅的，屬於偷稅的行為。根據法律規定，用人單位代扣代繳的個人所得稅可以代扣勞動者工資。
法律依據：《工資支付暫行規定》第十五條用人單位不得剋扣勞動者工資。有下列情況之一的，用人單位可以代扣勞動者工資：
（一）用人單位代扣代繳的個人所得稅；
（二）用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用；
（三）法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費；
（四）法律、法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。
個稅超過5000的扣除辦法：應稅額乘以百分之三至百分之四十五的超額累進稅率就是需繳納個稅的數額。而應稅額是當年的工資收入總額減去費用六萬元和各項法定的扣除後的餘額。
法律依據：
《中華人民共和國個人所得稅法》第二條
下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：
（一）工資、薪金所得；
（二）勞務報酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特許權使用費所得；
（五）經營所得；
（九）偶然所得。
第三條
個人所得稅的稅率：
（一）綜合所得，適用百分之三至百分之四十五的超額累進稅率；
（二）經營所得，適用百分之五至百分之三十五的超額累進稅率；
（三）利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得和偶然所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。
第六條
應納稅所得額的計算：
（一）居民個人的綜合所得，以每一納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的餘額，為應納稅所得額。
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