發生交通事故責任已經認定會扣留車輛嗎

不會。依據我國相關法律的規定，交通事故責任認定書下來後，交警不能繼續扣車，所扣車輛和物品及證照應在5日內交給車主。
交警扣車是為了收集證據調查交通事故，用於交通事故責任認定，比如對車輛進行技術鑑定等等，所以，發生交通事故責任已經認定就不能再扣車了。
《道路交通事故處理程式規定》第三十九條
《道路交通事故處理程式規定》第五十八條