簽訂合同主體一方是三個自然人可以分開起訴。因合同糾紛提起訴訟的，並且合同有多個當事人的，可以起訴全部或者部分當事人，在不同法院起訴的，分開審理；在同一法院，其訴訟標的是共同的，或者訴訟標的是同一種類、人民法院認為可以合併審理並經當事人同意的，合併審理。
法律依據：《民事訴訟法》 第五十二條
當事人一方或者雙方為二人以上，其訴訟標的是共同的，或者訴訟標的是同一種類、人民法院認為可以合併審理並經當事人同意的，為共同訴訟。共同訴訟的一方當事人對訴訟標的有共同權利義務的，其中一人的訴訟行為經其他共同訴訟人承認，對其他共同訴訟人發生效力;對訴訟標的沒有共同權利義務的，其中一人的訴訟行為對其他共同訴訟人不發生效力。
