工商局。
南京註冊公司的流程：
1、核名：到工商局去領取一張“企業(字號)名稱預先核准申請表”，填寫你準備取的公司名稱，由工商局上網(工商局內部網)檢索是否有重名，如果沒有重名，就可以使用這個名稱，就會核發一張“企業(字號)名稱預先核准通知書”。
2、租房：去專門的寫字樓租一間辦公室。租房後要簽訂租房合同，併到房管局備案。
3、編寫“公司章程”：章程需要由所有股東簽名。
4、刻私章：(全體股東)去街上刻章的地方刻一個私章，給他們講刻法人私章(方形的)。
5、註冊公司：到工商局領取公司設立登記的各種表格，包括設立登記申請表、股東(發起人)名單、董事經理監理情況、法人代表登記表、指定代表或委託代理人登記表。填好後，連同核名通知、公司章程、房租合同、房產證影印件、一起交給工商局。大概15個工作日後可領取執照。
6、憑營業執照，到公安局指定的刻章公司，去刻公章、財務章。後面步驟中，均需要用到公章或財務章。
7、辦理企業組織機構程式碼證：憑營業執照到技術監督局辦理組織機構程式碼證，需要3個工作日。
8、辦理稅務登記：領取執照後，30日內到當地稅務局申請領取稅務登記證。一般的公司都需要辦理2種稅務登記證，即國稅和地稅。辦理稅務登記證時，一般必須有一個會計，因為稅務局要求提交的資料其中有一項是會計資格證和身份證。當然，可以請一個代理記賬公司代理會計賬務。
9、去銀行開基本戶：憑營業執照、組織機構程式碼證、國稅、地稅正本原件，去銀行開立基本帳號。
10、申請領購發票：如果你的公司是銷售商品的，應該到國稅去申請發票，如果是服務性質的公司，則到地稅申領發票。
