不同稅種，退稅流程也不同，以外貿企業出口退稅的流程為例：因為海關是按月將出口資訊傳送給稅務機關，所以外貿企業須在辦理完報關手續後30天后再進行申報，具體申報退稅流程如下：
1、確認所屬期，即確認申報的是什麼期間的出口業務；
2、匯入及處理認證發票資訊；
3、錄入出口明細申報資料；
4、錄入進貨明細申報資料；
5、稽核三項資訊的關聯檢查，分別是進貨出口數量、換匯成本和申報資料一致性；
6、確認明細申報資料；
7、錄入退稅彙總表及生成退稅申報資料；
8、開啟國稅電子稅務局納稅人端，點開退稅預申報進行預申，通過後即可列印申報檔案，前往稅務大廳進行申報。
法律依據
《國家稅務總局關於外商投資企業的外國投資者再投資退稅若干問題的通知》
第八十條
外國投資者在申請再投資退稅時，應提供能夠確認其用於再投資利潤所屬年度的證明。凡不能提供證明的，稅務機關可就外國投資者再投資前的企業帳面應付股利、或未分配利潤中屬於外國投資者應取得的部分，從最早年度依次往以後年度推算再投資利潤的所屬年度，並據以計算應退還的企業所得稅稅款。
