現代刑事司法確立了無罪推定原則，進而衍生出了疑罪從無原則，即是在證據不足以證明犯罪成立時應當做無罪處理，那麼在不同階段應當如何處理呢?
一、審查起訴階段，疑罪應當作不起訴決定
《刑事訴訟法》第一百七十五條第四款規定：對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。
二、一審階段，疑罪應當作出證據不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決
《刑事訴訟法》第二百條規定第一款第三項規定：證據不足，不能認定被告人有罪的，應當作出證據不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決。
三、二審階段，如果發現原判決事實不清楚或者證據不足的，可以查清事實後改判，也可以裁定撤銷原判，發回原審法院重審
《刑事訴訟法》第二百三十六條第一款第三項規定：原判決事實不清楚或者證據不足的，可以在查清事實後改判;也可以裁定撤銷原判，發回原審人民法院重新審判。
四、再審階段，依照二審程式審理的，疑罪按照二審程式查清事實後改判，或者裁定撤銷原判，發回原審人民法院重新審判;按照一審程式審理的，疑罪應當撤銷原判決、裁定，判決宣告被告人無罪
《最高人民法院關於適用<中華人民共和國刑事訴訟法>的解釋》第三百八十九條第一款第(四)向規定：依照第二審程式審理的案件，原判決、裁定事實不清或者證據不足的，可以在查清事實後改判，也可以裁定撤銷原判，發回原審人民法院重新審判。
《最高人民法院關於適用<中華人民共和國刑事訴訟法>的解釋》第三百八十九條第二款規定：原判決、裁定事實不清或者證據不足，不能認定被告人有罪的，應當撤銷原判決、裁定，判決宣告被告人無罪。
五、死緩複核階段，疑罪可以裁定不予核准，並撤銷原判，發回重新審判，或者依法改判
《最高人民法院關於適用<中華人民共和國刑事訴訟法>的解釋》第三百四十九條第一款第四項規定：高階人民法院複核死刑緩期執行案件，原判事實不清、證據不足的，可以裁定不予核准，並撤銷原判，發回重新審判，或者依法改判。
六、死刑立即執行復核階段，疑罪應當裁定不予核准，並撤銷原判，發回重新審判
《最高人民法院關於適用<中華人民共和國刑事訴訟法>的解釋》第三百五十條第一款第三項規定：最高人民法院複核死刑案件，原判事實不清、證據不足的，應當裁定不予核准，並撤銷原判，發回重新審判。
